Kuzular Firarda: Gizemli Canavar, yaramaz koyun Shaun ve arkadaşlarının Cadılar Bayramı hazırlıkları sırasında karşılaştıkları gizemli bir yaratığın neden olduğu eğlenceli macerayı konu ediyor. Mossy Bottom Çiftliği'nde herkes yılın en heyecan verici gecelerinden biri için hazırlık yaparken, çiftçinin sakarlığı yüzünden sürünün özenle yetiştirdiği balkabağı tarlası tamamen mahvolur. Büyük bir hayal kırıklığı yaşayan Shaun, kutlama planlarını kurtarmak için alışılmadık bir çözüm bulmaya karar verir. Her zamanki yaratıcılığını kullanarak bilimsel deneylere girişen sevimli koyun, kısa sürede kendisini çılgın bir bilim insanının yerinde bulur. Ancak işleri yoluna koymak amacıyla başlattığı deneyler, beklediğinin tam tersine çiftlikte büyük bir karmaşaya neden olur. Shaun'un iyi niyetli girişimi kontrolden çıkarken çevrede yaşanan tuhaf olaylar da giderek artar. Üstelik çiftçi esrarengiz bir şekilde ortadan kaybolur ve yakındaki Mossingham ormanlarında korkutucu bir yaratığın dolaştığı söylentisi yayılmaya başlar.

Başlangıçta sıradan bir Cadılar Bayramı eğlencesi olarak görülen ürkütücü gelişmeler, Shaun ve arkadaşlarını beklenmedik bir gizemin içine sürükler. Ormanda gerçekten tehlikeli bir canavarın bulunup bulunmadığını anlamaya çalışan sürü, karşılaştıkları garip olayların ardındaki gerçeği keşfetmek için harekete geçer. Bir yandan kaybolan çiftçiyi bulmaya çalışırken diğer yandan kendi neden oldukları karmaşayı düzeltmek zorunda kalan arkadaşlar, birbirinden komik ve şaşırtıcı durumlarla karşılaşır. Shaun'un bitmek bilmeyen merakı ve sorunları alışılmadık yöntemlerle çözme isteği, her adımda yeni aksilikleri beraberinde getirir. Çiftlikteki düzenin tamamen bozulmasıyla birlikte, başlangıçta yalnızca Cadılar Bayramı kutlamalarını kurtarmak isteyen sürünün öncelikleri de değişir. Artık hem çiftçinin kayboluşunun ardındaki gizemi çözmeleri hem de ormanda dolaşan esrarengiz yaratığın gerçekte ne olduğunu öğrenmeleri gerekir. Korkutucu görünen olayların komik yanlış anlaşılmalarla iç içe geçtiği bu macerada Shaun, arkadaşlarıyla birlikte cesaretini ve yaratıcılığını bir kez daha ortaya koyar. Mossy Bottom Çiftliği'nin sevimli sakinleri, her zamanki sakarlıkları ve beklenmedik fikirleriyle sıradan bir kutlamayı unutulmaz bir serüvene dönüştürür. Gizemli yaratığın ortaya çıkmasıyla giderek büyüyen karmaşa, Shaun ve arkadaşlarını dostluğun, dayanışmanın ve birlikte hareket etmenin önemini keşfettikleri eğlenceli bir yolculuğa çıkarır.